När ombyggnaden av Malmö C nu går in i nästa fas kommer en del av SJ:s fjärrtåg till/från Malmö C istället att trafikera stationen Malmö Syd Svågertorp. Nattågen Malmö-Berlin kommer att utgå från Lund C och göra uppehåll i Malmö på pågatågsstationen Persborg. Trafikomläggningen sker under perioden 13 december 2009 – 11 december 2010. När Citytunneln öppnar om ett år kommer alla SJ tågen att åter köra till/från Malmö C.